2045 年，世界陷入系统性的“持续战争”中，然而公众仍未意识到人类的存亡可能掌握在 AI 手里。在神秘的“新人类”出现后，全身义体化的少校草薙素子所在的公安九课作为雇佣兵登场。由于超级大国都试图把控局面，公安九课因此进行了重组。
